Gezien de aard van Palga als verwerker van bijzondere persoonsgegevens is Palga zich zeer bewust van het risico op datalekken en onzorgvuldig gebruik van de data. Palga heeft diverse maatregelen genomen om de dataveiligheid te garanderen. De data worden daartoe versleuteld en gepseudonimiseerd en Palga heeft haar databeheer ingericht conform ISO 27001 en NEN 5310, NEN 5312 en NEN 5313 en de AVG. Onderdeel van deze normen is dat medewerkers van Palga zich hebben verbonden aan de gedragscode Stichting Palga. Deze gedragscode bepaalt hoe een werknemer met data en datadragers dient om te gaan. Het bestuur van Palga handelt in lijn met de Governancecode Zorg.
Daarnaast wordt er pseudonomisering toegepast, hebben de werknemers geen toegang tot de database voor de patiëntenzorg en zijn slechts enkele medewerkers bevoegd datasets voor wetenschappelijk onderzoek samen te stellen. Dit gebeurt achter “Chinese Walls”. Verder wordt in lijn met de AVG zoveel mogelijk dataminimalisatie toegepast.